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Today’s #FAHMeetTheProteins features the Nucleoprotein RNA binding domain! https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.06.977876v1.full …pic.twitter.com/CMkgn7jUWk Afficher sur Twitter
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A lot of you have been eager for more work units, so we wanted to give you an overview of our process and a status update. We’re working hard to get more work servers up and running in response to our rapid growth in users. Stay tuned!pic.twitter.com/860T3z0jVb Afficher sur Twitter
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We want to let you all know what proteins we are simulating, what they do, and what we hope to learn from these studies! We’ll call it #FAHMeetTheProteins Today’s protein is nsp10 from SARS and SARS-CoV2 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4162180/ …pic.twitter.com/8xyM5rlEGK Afficher l’article complet
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The F@h team is working hard to generate as many new #COVID19 WUs as possible. In the meantime you may get a WU for another disease, and that’s okay! We care very deeply about addressing our current global health threat, but we also care about preventing future ones. Afficher l’article complet
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Tiens, une tête connue Bah, on ne se refait pas
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DK-cahuète changed their profile photo
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Bas les pattes !! Et reste à un mètre stp... (je sers ≠ je serre)
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DK-cahuète joined the community
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Envie d'aider la recherche contre le Coronavirus grâce à votre ordinateur ? Rejoignez le projet Folding at Home simplement en installant un logiciel sur votre ordinateur. Plus de renseignement sur https://alliancefrancophone.org/dossiers/covid19 … #Covid_19 #coronavirus #FoldingAtHome Afficher l’article complet
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Advanced controller: Fenêtre d'information et de paramétrage de Folding at Home accessible en cliquant droit sur l’icône de F@H dans la zone de notification. Calcul distribué: Client: Partie du logiciel servant à effectuer les calculs, le logiciel F@H peut piloter parallèlement plusieurs clients, par exemple un client CPU et un client GPU. CPU: Abréviation pour le processeur principal de l'ordinateur, Central Processor Unit Deadline: GPU: Abréviation pour le processeur de la carte ou puce graphique Graphic processor unit F@H: Abréviation pour parler de Folding at Home Folding at Home Protéines Stanford Vijay Pande Web controller WU: Work Unit, unité de calcul, chaque client, dès qu'il est lancé, télécharge une WU, en effectue le calcul, puis la renvoie aux serveurs de Stanford avant d'en télécharger une nouvelle.
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Depuis courant 2017, les stats des différents miniteams hébergés sur http://folding.fleucorp.net ne sont plus fonctionnelles. Pourquoi ? Mystère, malheureusement depuis il semble impossible de reprendre contact avec leur créateur, JGP SOLDAT. En octobre 2017, Kana-chan, un membre de la mini team Zebulon a repris le script des stats que JGP SOLDAT avait mis à disposition des membres de l'AF et a réussi à les remettre en service. Vous pouvez retrouver ces stats sur https://www.folding.fr/stat/kana/folding/ Les stats de la mini team PcPerf se trouvent là.
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A venir
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Folding@home update on SARS-CoV-2 (10 Mar 2020) March 10, 2020 by John Chodera This is an update on Folding@home’s efforts to assist researchers around the world taking up the global fight against COVID-19. After initial quality control and limited testing phases, Folding@home team has released an initial wave of projects simulating potentially druggable protein targets from SARS-CoV-2 (the virus that causes COVID-19) and the related SARS-CoV virus (for which more structural data is available) into full production on Folding@home. Many thanks to the large number of Folding@home donors who have assisted us thus far by running in beta or advanced modes. This initial wave of projects focuses on better understanding how these coronaviruses interact with the human ACE2 receptor required for viral entry into human host cells, and how researchers might be able to interfere with them through the design of new therapeutic antibodies or small molecules that might disrupt their interaction. In the coming days, we hope to take advantage of some of the new structural biology and biochemical data that is being rapidly released by researchers around the world who are working to understand these viruses and strategies for defeating them. This work has been largely disseminated by preprint servers such as bioRxiv and chemRxiv, which aim to make research rapidly available to both other researchers and the public for other scientists to broadly evaluate and immediately start building on. We have also forged several new collaborations with other laboratories where we hope Folding@home will provide valuable support in COVID-19 research efforts. While we will rapidly release the simulation datasets for others to use or analyze, we aim to look for alternative conformations and hidden pockets within the most promising drug targets, which can only be seen in simulation and not in static X-ray structures. We hope that these structures—once validated by emerging compound screening data—could help direct the virtual screening campaigns or the targeting of new pockets for which atomistic structures were not yet available. Below, we provide short descriptions of the projects. Note that all input files are being made available on GitHub here for other researchers to take advantage of: https://github.com/foldingathome/coronavirus This repository will evolve over the coming days as we add more projects and documentation. We will start posting datasets with structures on publicly available servers as soon as we have useful data to report. All projects are using the new GPU-accelerated Core22 based on the open source OpenMM biomolecular simulation engine. SARS-CoV-2 RBD domain in complex with human ACE2 receptor (PDBID: 6vsb, 6acg) [10.1126/science.abb2507, 10.1371/journal.ppat.1007236] 11741: Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) receptor binding domain in complex with human receptor ACE2. atoms: 165550, credit: 15396 11746: Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) receptor binding domain in complex with human receptor ACE2 (alternative structure to 11741). atoms: 182699, credit: 16615 SARS-CoV-2 main protease in complex with an inhibitor N3 (PDBID: 6lu7) [Not yet published] 11742: Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) protease in complex with an inhibitor. atoms: 62227, credit: 9405 11743: Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) protease – potential drug target. atoms: 62180, credit: 9405 SARS-CoV-2 RBD domain in complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragment (PDBIDs: 6nb7, 6nb8, 2ghv) [ 10.1016/j.cell.2018.12.028 (for both 6nb7 and 6nb8), 10.1074/jbc.M603275200] 11744: Coronavirus SARS-CoV (SARS causing virus) receptor binding domain trapped by a SARS-CoV S230 antibody. atoms: 109578, credit: 7608 11745: Coronavirus SARS-CoV (SARS causing virus) receptor binding domain mutated to the SARS-CoV-2 (COVID-19 causing virus) trapped by a SARS-CoV S230 antibody. atoms: 110370, credit: 7685 To contact us to discuss collaborations or data, please email us at foldingathome@choderalab.org Special thanks to TBCP graduate student Rafal Wiewiora and CBM graduate student Ivy Zhang for their work in modeling these structures from existing experimental data and preparing these projects, and to all the Folding@home donors who help make this work possible! ~ The Chodera lab SARS-CoV-2 team and Folding@home Consortium ~
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Non, non, pas d'inquiétude, je n'ai pas le coromachin, c'est juste la poussière accumulée qui me fait éternuer. *Continue d'aligner les verres* Bon, je serre qui en premier ?
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Si vous ne vous souvenez plus de votre ancien pseudo, tous les membres ayant contribué sous la bannière de PcPerf sont dans ce fichier. Qu'est-ce que le Passkey, comment le retrouver ou en demander un. Le Passkey est (en théorie) un code unique censé empêcher la triche en empêchant plusieurs personnes d'utiliser le même pseudo. En pratique, son avantage principal est que si vous retournez régulièrement vos calculs dans les temps, vous aurez un bonus de points Si vous ne l'avez pas ou plus, vous pouvez en redemander un nouveau sur cette page. Les différents réglages. Dans la fenêtre du web control, l'idéal est de paramétrer la barre "Power" sur "Full" pour un maximum de performance. Si vous avez des problèmes de surchauffe, vous pouvez passer cette barre sur "Medium" voir "Light" mais bien sûr, les calculs seront plus long. Le client V7 détecte automatiquement les CPU et GPU pouvant plier. Cela dit, les GPU sont aujourd’hui beaucoup plus performants et avec un meilleur ratio calcul/consommation électrique que les CPU. Pour ma part, je ne plie qu’avec mon GPU mais cela dépend de la décision de chacun. Ça peut se configurer en faisant un clic droit sur l'icône folding at Home ( ) dans la barre de notification (en bas à droite) et en sélectionnant "Advanced control". Faites un clic droit sur le client que vous voulez stopper et choisissez "Pause" pour le stopper. Pour recevoir des WUs liées au Coronavirus, il faut sélectionner "Any disease" dans "I support research fighting", c'est le paramétrage par défaut. Il est possible que votre client est du mal à télécharger de nouvelles WUs, en ce moment, face à l'affluence des nouveaux plieurs, les serveurs de Stanford sont un peu à la peine, il faut simplement être patient et espérer qu'ils renforcent leurs serveurs en début de semaine. Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas à les poster ci-dessous
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Bonjour à tous, anciens ou nouveaux plieurs. Un petit tuto rapide pour l'installation et la configuration du client V7 de folding at home. Il faut bien sûr commencer par télécharger la version correspondant à votre système sur le site officiel. Une fois téléchargé, un double clic pour lancer l’installateur. Une fois l'installation terminée, et le client lancé, cette page va s'ouvrir dans votre navigateur internet. Pour ne pas plier en tant qu'anonyme, sélectionnez "Set up an identity" et cliquez sur "Start Folding". Vous pouvez à présent renseigner votre pseudo (commençant par "[PcPerf]_" pour être automatiquement ajouté à la miniteam PcPerf), le numéro de l'équipe (51) et votre Passkey (optionnel, sert pour le bonus, voir plus bas). Pour composer votre pseudos, faites attention à ne pas utiliser de caractères spéciaux qui pourrait poser problème et contentez vous d'utiliser chiffres, lettres ainsi que les caractères [ ] et _ Félicitation, Folding at home est installé et va commencer à calculer des qu'il aura finit de télécharger sa première WU !
