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Thor

A propos de "Base de données des temps de calculs"

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alors voila

 

j'ai codé un script qui permet de calculer tout seul l'ecart de temps entre les %, ça evite de le faire de tete (comment ça je suis une feignasse :lol: )

au debut, je voulais juste avoir le nom des proteines, pis des ligne de code en appelant d'autre :lol:

c'est du perl :lol: et il fonctionne que sous linux pour le moment

perl existe sous windows, mais je pense pas que vous allez installer perl rien que pour moi

 

 

voici le script, vous pouvez le placer ou vous voulez sur votre machine a condition de modifier le chemin d'acces a FAHlog.txt

#!/usr/bin/perl		use strict;	open(FD , "/home/nico/fah/FAHlog.txt");		#déclaration et init des variables		my$project=0;	my$run=0;	my$clone=0;	my$gen=0;		my$hour_prev=0;	my$minute_prev=0;	my$second_prev=0;	my$hour_next=0;	my$minute_next=0;	my$second_next=0;		my$time_prev=0;	my$time_next=0;	my$time_sec=0;	my$time=0;		#[22:06:15] Project: 3059 (Run 8, Clone 48, Gen 19)		while (my$line = <FD>) {		if ($line=~ "Project:[ \t]+([0-9]+)[ \t]\\(Run[ \t]+([0-9]+),[ \t]+Clone[ \t]+([0-9]+),[ \t]+Gen[ \t]+([0-9]+)\\)") {					$project=$1;			$run=$2;			$clone=$3;			$gen=$4;						print "p$project (run$run clone$clone gen$gen)\n";		}			#[01:37:53] Completed 1100000 out of 5000000 steps  (22 percent)	#[01:47:14] Completed 1150000 out of 5000000 steps  (23 percent)		if ($line =~ "\\[([0-9]+):([0-9]+):([0-9]+)\\][ \t]+Completed[ \t]+[0-9]+[ \t]+out of[ \t]+[0-9]+[ \t]+steps[ \t]+\\(5[ \t]+percent\\)") {				$hour_prev=$1;			$minute_prev=$2;			$second_prev=$3;				print "\t5%WU $hour_prev : $minute_prev : $second_prev\t";		#je convertis les heures/minutes en secondes pour avoir le temps uniquement en secondes			$hour_prev=$hour_prev*3600;			$minute_prev=$minute_prev*60;			$time_prev=$hour_prev+$minute_prev+$second_prev;			print "===>time_prev= $time_prev\n";		}				if ($line =~ "\\[([0-9]+):([0-9]+):([0-9]+)\\][ \t]+Completed[ \t]+[0-9]+[ \t]+out of[ \t]+[0-9]+[ \t]+steps[ \t]+\\(6[ \t]+percent\\)") {			$hour_next=$1;			$minute_next=$2;			$second_next=$3;			print "\t6%WU $hour_next : $minute_next : $second_next \t";		#je convertis les heures/minutes en secondes pour avoir le temps uniquement en secondes			$hour_next=$hour_next*3600;			$minute_next=$minute_next*60;			$time_next=$hour_next+$minute_next+$second_next;			print "===>time_next= $time_next \n";		#je calcule l'intervalle de temps pour 1% de la Wu et je donne le resultat en min/sec					if ($time_prev > $time_next) {				$time_next = $time_next + 86400;			}			$time = $time_next - $time_prev; #temps en secondes			$time = $time/60;			$time = sprintf("%.2f" , $time);			my@tab = split(/\./ , $time);				my$min = $tab[0];			my$sec = $tab[1];			my$div = 60/100;					$sec = $sec*$div;			$sec = sprintf("%.0f" , $sec);				print "\t temps de calcul pour 1% : ".$min."min ".$sec."\n";			}	}		close FD;	exit 0;

lorsqu'on l'execute, ça donne ça:

nico@ichigo:~$ cd fah/   nico@ichigo:~/fah$ ./wu_stat.pl    p3059 (run8 clone48 gen19)		   5%WU 22 : 54 : 45	   ===>time_prev= 82485		   6%WU 23 : 04 : 26	   ===>time_next= 83066 			temps de calcul pour 1% : 9min 41   p3059 (run4 clone76 gen5)		   5%WU 14 : 57 : 06	   ===>time_prev= 53826		   6%WU 15 : 06 : 43	   ===>time_next= 54403 			temps de calcul pour 1% : 9min 37   p3059 (run4 clone76 gen5)   p3059 (run8 clone75 gen10)		   5%WU 06 : 48 : 59	   ===>time_prev= 24539		   6%WU 06 : 57 : 32	   ===>time_next= 25052 			temps de calcul pour 1% : 8min 33   p3059 (run1 clone82 gen8)		   5%WU 08 : 45 : 46	   ===>time_prev= 31546		   6%WU 08 : 54 : 28	   ===>time_next= 32068 			temps de calcul pour 1% : 8min 42   nico@ichigo:~/fah$

 

voici ce qu'il reste a faire dessus:

-faire le calcul a partir de plusieurs intervalle et faire une moyenne (je ne le fais que sur l'intervalle 5%->6%)

-virer le pti bug qui consiste a voir apparaitre le nom de la proteine en plusieur fois, car lorsqu'on quitte fah, a la relance, il redonne le nom de la proteine

-tout autre infos que vous jugeriez utile d'avoir

Edited by pat1ent00

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je sais pas ^^ j'ai pas testé

je supose moin bien car c'est vraiment le minimum

mais je vais m'essayé à faire un truc plus complet

 

fahmon est dispo sur linux? je croyais que c'était une appli windows

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Sur la page de download c'est indiqué:

 

* Windows users: download the archive with the compiled version of FahMon (package FahMon x.x.x)

* Linux users: download the sources and compile FahMon by yourself (instructions are included)

 

Après a tou de voir si tu peut en faire un script qui donnes des infos différentes ou plus précises.

 

:lol:

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Dès que j'ai le temps je teste ton script pat1ent00.

 

Je pense qu'il va m'être bien utile.

 

:victoire:

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Euh question : ton script il faut le placer dans un document texte et lui donner quelle extension?

 

.pl j'ai cru voir.

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ui, tu creer un fichier text que tu appelle cequetuveux.pl (extension .pl pour dire que c'est du perl)

 

je l'ai appelé wu_stat.pl mais ça peut etre autre chose, je me sentais pas tres créatif ^^

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Quand je lance le truc il me dit command not found...

 

:unsure:

essaye ça

 

sudo chmod a+x nom_fichier.pl

 

./nom_fichier.pl

 

ou sh nom_fichier.pl

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Ok ça fonctionne.

 

Je savais que c'était lié aux droits d'accès mais je ne savais plus quelle commande utiliser.

 

merci :unsure:

 

Bon maintenant il faudrait que j'essaie fahmon pour voir.

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Ca fait quelques temps que je n'ai pas mis ce sujet à jour mais je continue perso à mettre à jour ma propre base sur un fichier Excel.

 

Dans ce fichier il y a les temps de calculs des gens qui ont posté.

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Pour moi c'est fait, j'ai créé mes stats, mais il me reste mas mal de majs a faire.

Edited by g007

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